进化树怎么看结果(进化树怎么看)

2023-04-20 13:51:54 生活饮食 0阅读 回答者:admin

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1、进化树怎么分析(1)水平方向:遗传变量的变化程度水平方向上的分支代表进化谱系随着时间的变化,分支长度越长表示该分支对应物种的变化越大。

2、(2)标尺:底部的短线标尺下部的数字0.07指该长度的分支代表基因组的遗传变异度为0.07。

3、其中,遗传变异度通常表示基因组中每个位点碱基的替换频率,计算公式为:变异度=变异碱基数/总碱基数(%)。

4、通常情况下会以百分比的方式展示,进而可解释为每100个碱基位点的变异度。

5、(3)垂直方向:无特别含义(4)节点:彩色圆圈进化树上的节点有外部节点和内部节点两种。

6、外部节点又称为叶节点(上图中绿色圆圈),代表参与分析的基因组数据(例图中是病毒的基因组序列),一般情况下一个基因组也即带代表一个物种。

7、内节点用蓝色的圆圈表示假定祖先。

8、进化树的根(红色圆圈)告诉我们终极祖先的位置,基于这个点依据不同分支在水平方向上的长度可以对不同物种近似进化时间进行排序。

9、例如:在上图中我们可以说A物种比B和C物种在进化时间上更早,同时也可以认为水平方向上进化时间从左到右依次增加。

10、(5)分支因为分支长度代表基因序列相似度,只能代表近似进化时间。

11、因此,需要根据基因序列相似度与进化时间假说对这种进化距离进行转换,即分子钟。

12、(6)Bootstrap值图中每个节点左边的灰色数字代表该节点的bootstrap值。

13、该值范围从0-1,也可用百分比的形式代表,值越大该节点置信度越高。

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