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1、软件著作权申请代理申请流程是：代理人向中国版权保护中心提交要求填写的软件著作权登记申请表、软件的鉴别材料等文件；2、中国版权保护中心依法审查申请材料；3、符合条件的，依法自受理日起60日内予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
2、【法律依据】《计算机软件著作权登记办法》第八条合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。
3、著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。
4、第九条申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：（一）按要求填写的软件著作权登记申请表；（二）软件的鉴别材料；（三）相关的证明文件。
5、第十九条对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。
6、第二十条中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
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